FoodCyclerin hiilisuodatin on se, joka pitää syklin hajuttomana. Aktiivihiili absorboi hajuja prosessin aikana, ja kun kapasiteetti on käytetty noin 500 syklitunnin jälkeen, tyypillisesti kolmen tai neljän kuukauden välein, suodatinvalo ilmoittaa, että on aika täyttää uudelleen. Laite toimii teknisesti ilman hiilen vaihtamista, mutta ilman aktiivihiiltä se kyllä huomataan, tai pikemminkin haistaan keittiön yleisessä aroomissa.
Täyttäminen on yksinkertaista: vanha hiili laitetaan kompostiin, lisätään uutta, laitetaan säiliö takaisin paikalleen. Sopii sekä Eco 3:een että Eco 5:een. Yksi pussi sisältää tarkalleen oikean määrän yhtä suodatinta varten.